Для защиты вагонки разработаны специальные «древесные средства». Вначале используется антисептик, после его высыхания применяются краска или лак. При использовании вагонки в условиях улицы, обновлять верхнее покрытие нужно ежегодно. При отделке помещений в деревянных домах из оцилиндрованного бревна рекомендованный интервал между нанесениями увеличивается.
Краски и лаки подбирают исходя из условий эксплуатации и особенностей породы древесины. Существуют средства, предназначенные для твердых или для мягких пород.
При использовании качественных составов и финишных покрытий вагонка сохраняет все преимущества дерева и обретает новые свойства: стойкость к влаге, прочность.
Краски могут быть матовыми или блестящими, лаки закрывать текстуру или только давать легкий глянец. Подбор по этим параметрам зависит от предпочтений клиента или аспектов стилистического оформления. Эксплуатационные характеристики не изменяются в зависимости от эстетических показателей.